南京信息工程大学气象灾害教育部重点实验室（以下简称实验室）创建于1995年，2012年通过教育部验收，更名为“气象灾害教育部重点实验室”，2015年顺利通过教育部评估获“良好”等级，2020年再次通过教育部评估并获“优秀”等级。实验室主要针对东亚季风区重大气象灾害（洪涝、台风、热浪、大雾、灰霾、雷电等）的关键科学问题，开展应用基础研究，旨在提高天气气候预报预测准确率和气候变化影响评估水平，为国家防灾减灾和应对气候变化提供科学支撑。

气象灾害预报预警与评估协同创新中心（以下简称协同创新中心）由南京信息工程大学牵头，汇聚了中国科学院大气物理研究所、国家气象中心、国家气候中心、中国气象科学研究院、国防科技大学、成都信息工程大学等单位开展合作。2013年被认定为江苏省首批立项建设的协同创新中心，2018年入选教育部首批省部共建协同创新中心，2020年通过江苏省教育厅绩效评估并获A等级。