农业微生物资源发掘与利用全国重点实验室面向农业绿色发展、大食物观和粮食安全等国家重大战略需求，重点挖掘生物固氮、杀虫抗病、动物健康、环境、食用菌和酵母等农业微生物种质资源，解析重要农业微生物的结构与功能、揭示农业微生物－宿主－环境相互作用机理，改良和创造功能性农业微生物种质资源，创制新型高效安全的微生物产品。定位于农业微生物应用基础研究，并向基础研究和应用开发两个方面延伸。为了进一步加强合作与开放，实验室设有面向室内外从事农业微生物研究的大学及研究所等单位的开放课题基金。实验室诚挚邀请国内外相关领域的研究人员来实验室共同研究，凡符合《农业微生物资源发掘与利用全国重点实验室开放课题与客座人员管理办法》申请条件的研究人员均可提出申请，本实验室在收到开放课题申请书后经实验室评审小组评议、主任会议讨论批准，择优资助。
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